Una delle caratteristiche principali dei territori carsici, come quello del GAL, è quella di avere un sottosuolo ricco di fratture, voragini e cavità, originatesi per dissoluzione delle rocce calcaree ad opera delle acque piovane che si infiltrano nel terreno.
Spesso queste cavità assumono forme e dimensioni ragguardevoli. La Terra dei Trulli e di Barsento annovera alcune grotte famose nel mondo per la bellezza e la grandiosità degli ambienti: le Grotte di Castellana e la Grotta del Trullo di Putignano. Oltre a queste vi sono tantissime altre grotte e voragini, molte di interesse scientifico, speleologico, paletnologico, archeologico, altre trasformate in luoghi di culto, come la Grotta di San Michele in Monte Laureto, a Putignano, e la Grotta di Sant’Oronzo a Turi.